Los filtros de diatomeas tienen un funcionamiento parecido a los filtros de cartucho, pero con la aportación de las diatomeas, elementos fosilizados que actúan como agentes filtrantes con una elevada capacidad filtrante.
Las diatomeas absorben suciedad, incluso en algunos casos, invisible para el ojo humano. De hecho su capacidad de filtración es de alrededor de 10 micras.
Recordemos que la capacidad inicial de los filtros de cartucho es alrededor de 20 micras y la de los filtros de arena, entre 40 y 60 micras. Por tanto se trata del tipo de filtro con mayor capacidad, pero a su vez es también el de un mayor coste inicial y de mantenimiento.
Resulta recomendable, siempre que sea posible, el uso de filtros ligeramente sobredimensionados en relación al volumen de la piscina, evitando su funcionamiento forzado y alargando la vida útil del equipo.